Obiettivo principale di chi opera in regime di olivicoltura biologica è quello di salvaguardare il delicato equilibrio biologico dell’ambiente agrario e naturale e creare i presupposti per lo sviluppo di piante sane e forti.
Si passa perciò da un concetto tipico dell’agricoltura convenzionale di difesa intesa come “distruzione” degli agenti dannosi, con l’uso di prodotti di sintesi, ad un nuovo concetto di “convivenza” e di “controllo”, attraverso il monitoraggio, la verifica della presenza degli organismi dannosi e la realizzazione degli interventi in caso di reale necessità con le sostanze ammesse dai disciplinari.

I metodi di lotta possibili e consentiti in agricoltura biologica sono i seguenti:
-lotta biologica
-lotta microbiologica
-impiego di biotecnoclogie
-impiego di prodotti di origine vegetale e/o animale
-adozione di accorgimenti di tipo agronomico
La lotta biologica si basa sull’utilizzo di organismi “ausiliari”, ad esempio degli insetti utili che svolgono un ruolo di primaria importanza nel contenimento della popolazione di fitofagi dannosi alla coltura. Uno dei fondamenti principali su cui si basa l’agricoltura biologica è il rispetto degli “ausiliari selvatici”, ovvero degli insetti utili normalmente presenti nel campo coltivato e ospiti delle siepi e dei fossi.
Essi infatti posti in condizioni adatte al loro sviluppo possono costituire un ottimo mezzo di difesa. Il loro impiego, quale mezzo attivo di difesa, attraverso lanci in campo, deve essere comunque preceduto e seguito da precise scelte agronomiche e da una profonda conoscenza del ciclo biologico dell’ausiliare e del parassita.
I quantitativi ed i tempi d’introduzione si individuano tenendo conto di tutti i fattori che possono condizionare la loro sopravvivenza e il loro sviluppo. La lotta microbiologica prevede l’utilizzo di microrganismi e si basa sulle caratteristiche di alcuni microrganismi (funghi, batteri,virus) di attaccare gli organismi dannosi (soprattutto insetti e acari) oppure di essere antagonisti ad essi nell’occupazione dello spazio vitale (soprattutto funghi).
Ad esempio il Bacillus thuringiensis (batterio) ha un’azione specifica su alcune larve di lepidotteri e coleotteri e la sua attività si esplica solo in determinate condizioni ambientali quali quelle che si riscontrano all’interno dell’intestino delle larve. Anche il fungo Beauveria Bassiana possiede spore che, a contatto con l’insetto germinano e penetrano al suo inerno provocandone la morte.
Le biotecnologie utilizzano sostanze “riconosciute” dall’organismo dannoso e che interferiscono col suo ciclo di sviluppo.
Esse comprendono tra le altre le trappole a feromoni (ormoni sessuali emessi dalle femmine) che rappresentano un pratico ausilio per il monitoraggio delle popolazioni di diverse specie di lepidotteri (farfalle) e ditteri (mosche).     Tali trappole sono necessarie per verificare la presenza nell’ambiente di fitofagi e di conseguenza individuare con certezza il periodo di attività degli stessi. Ulteriore tecnica è la confusione sessuale che prevede il disorientamento dei maschi tramite l’applicazione sulle piante di diffusori di feromoni che impediscono ai maschi di localizzare le femmine e rendono di fatto impossibile l’accoppiamento. Tale metodo non trova però applicazione in olivicoltura. Il metodo delle esche avvelenate , praticabile anche nell’oliveto, consiste nel distribuire, sulla fascia mediana di un lato della chioma di tutte le piante dell’oliveto o su tutta la chioma di un numero ridotto di piante, una miscela composta da esche attrattive di tipo proteico o di preparati di tipo vegetale addizionati con un insetticida che consenta l’avvelenamento della mosca olearia attirata sulla parte trattata. In olivicoltura biologica gli insetticidi impiegabili per avvelenare le esche sono il piretro  o il rotenone.La cattura massale o “attract and kill”(cattura e uccidi) consiste invece nell’eliminazione degli adulti e in particolare del maggior numero possibile di maschi della specie dannosa, prima che avvenga l’accoppiamento. Anche in questo caso l’attrattivo utilizzato è il feromone sessuale specifico per l’insetto; impiegato da solo o in miscela con composti ammoniacali come il carbonato di ammonio o con attrattivi alimentari come le proteine idrolizzate, con aggiunto un insetticida naturale o di sintesi il cui uso sia consentito in agricoltura biologica. 
Il metodo biologico ammette anche l’utilizzo di un numero limitato di prodotti fitosanitari di origine vegetale e/o animale per la difesa delle colture, che vanno impiegati qualora le pratiche di prevenzione adottate non siano state sufficienti a limitare i danni alle colture. Il ricorso agli interventi diretti risulta molte volte indispensabile, in quanto in determinate situazioni non è possibile controllare diversamente i patogeni se non ricorrendo all’utilizzo di antiparassitari (insetticidi, fungicidi) di provenienza vegetale e/o minerale. I prodotti che si possono utilizzare per la difesa in agricoltura biologica agiscono generalmente per contatto o per ingestione, sono molto labili (dilavati per azione dell’acqua o alterati dalla luce solare o dal calore) e quindi poco persistenti, per tali motivi può essere necessario intervenire più volte per controllare uno stesso fitofago. Questi prodotti inoltre non hanno azione sistemica e per tanto non vengono assorbiti dalla pianta o dalle radici e messi in circolazione nella pianta attraverso la linfa; né azione curativa, e pertanto non sono attivi dopo che la malattia si è manifestata. Sono inoltre caratterizzati da una bassa selettività, ma la scarsa persistenza di cui sono dotati rappresenta un vantaggio per l’ambiente in quanto non provocano inquinamenti e consentono la veloce ricomparsa degli insetti utili. La difesa biologica contro le avversità che possono colpire l’oliveto e interferire sulla sua produttività, può essere realizzata innanzi tutto con l’applicazione di pratiche agronomiche e tecniche colturali appropriate che vanno dalla scelta di varietà rustiche, al ricorso a fertilizzazioni equilibrate, all’esecuzione di idonee lavorazioni del terreno, alla salvaguardia dell’entomofauna (insetti) utile e al ripristino delle condizioni ambientali per il suo insediamento e adattamento.